2020年5+生信文章什么样?

话不多说,直奔主题。(看发表时间,很新鲜) 这杂志大家也不陌生,都是老朋友了,生信友好型杂志。 看看文章都干了什么: 1.故事背景 作者系统性的开发了一个跨越不同转录组平台和病人队...

三维基因组常用分析工具汇总

Hi-C技术主要将空间结构临近的DNA片段进行交联,并将交联的DNA片段富集,然后进行高通量测序,对测序数据进行分析即可揭示全基因组范围内的染色体片段间的交互作用。利用Hi-C技术可以揭示基因组...

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-11-06 20:51
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爱学习:手把手教你复现一篇Nature子刊的基于WGCNA的生信分析+实验验证的文章

“Identifcation of the key genes and pathways involved in the tumorigenesis and prognosis of kidney renal clear cell carcinoma” 肾脏肾透明细胞癌的发生,发展及预后的关键基因和途径的鉴定 发表于: 2020年3月6日, Scientific Reports 杂志上,还是热乎的。

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  • 欢乐豆
  • 发布于 2020-05-29 18:50
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如何提升系统进化树的颜值?

“高颜值系统进化树”诞生记

miRNA 综述文章阅读笔记

miRNA研究综述

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-28 20:54
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一键获取基因在不同肿瘤中不同临床分期的表达差异

众所周知,现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达,当然我们也可以分析 不同临床分期与基因表达的关系,比如T、N、M、Stage、性别和年龄。 在这里我们...

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  • admin
  • 发布于 2021-10-07 11:17
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蛋白互作网络挖掘,轻松获取关键网络模块

这一讲,主要讲解蛋白互作网络构建以及结果优化,那么同样也是我们本次GEO数据挖掘系列的最后一讲,从开始文件章解读到文章中的每一步的分析操作,我们都通过零编程来实现完成,这里避免大家在...

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  • 调研图
  • 发布于 2018-06-15 20:44
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编程模板-R语言脚本写作:最简单的统计与绘图,包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

写在前面 个人认为:是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python等(胶水语言,数据格式转换,软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。 之前分享过我个...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-18 22:55
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生信文章解析(第七篇)非小细胞肺癌中免疫应答相关的突变特征以及驱动基因

研究非小细胞肺癌免疫应答相关的signature的文章,整合了113例经过ICB治疗的非小细胞肺癌样本的体细胞突变谱以及临床信息。研究的目的是刻画经ICB治疗的非小细胞肺癌患者的突变特征和预后。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-08-15 10:44
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多因素回归分析工具 使用教程

先上图,后补充

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-22 15:33
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分享一个基因融合(Gene_Fusion)检测的新软件--Arriba

基因融合检测软件

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  • 文虎
  • 发布于 2017-12-24 15:58
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茶基因组解析

茶是世界上最古老,最受欢迎的含咖啡因的饮料,具有极大的经济,药用和文化价值。栽培茶树山茶的重复序列高达80.9%,基因组大小伟3.02Gb。文章发现,由于几个LTR反转录转座子家族的缓慢,稳定...

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  • 百迈客
  • 发布于 2017-05-05 16:55
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漫谈16S的前世今生

本文转载自“微微悦明”,已获授权。本人对内容有编辑和修改。 16S的基础概念 16S rDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟,其种类少,含量大(约占细菌RNA含量的80%),分子大小...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-12-18 23:07
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KaplanMeier生存曲线绘制工具

在临床研究中,生存曲线(又称Kaplan-Meier曲线)是最常用图片之一,旨在描述各组患者的生存状况。一张漂亮的、专业的生存曲线图不仅可以令编辑、读者和审稿专家眼前一亮,同时也能为论文增色不...

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  • admin
  • 发布于 2021-06-24 10:22
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推荐一个软件:GFFview

A Web Server for Parsing and Visualizing Annotation Information of Eukaryotic Genome 大家好,今天给大家推荐一款软件,GFFview ,顾名思义这款软件主要用于gff文件的可视化展示。 相信...

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-06-03 10:31
  • 阅读 ( 8651 )

宏基因组分析教程-Analysis of Metagenomic Data

加拿大安大略研究所建立的生物信息网(https://bioinformatics.ca/),每年组织多场生物信息学线下培训,并线上共享培训资料。有超多生信学习PPT和视频,每一份都价值不菲。2016年6月22-24日,在温哥华举办了宏基因组数据分析专题培训,我们可以点击主页中宏基因组专题栏目的 "Access Content" 访问这次培训的材料。

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-10-12 21:59
  • 阅读 ( 8628 )

GEO数据快速下载——终于不用去国外数据中下载数据了

我们通过研发的新的数据平台将常用的公共数据库全部同步到国内服务器中,并且每天同步更新,同时按照常规发表SCI的习惯对所有数据进行整合,编排,方便大家下载与使用。

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  • 欢乐豆
  • 发布于 2020-04-26 13:57
  • 阅读 ( 8609 )

你得明白为什么一个基因对应多个探针

一个基因对应多个探针

StringTie:一个转录组软件

新的转录组标表达定量软件

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-01 15:27
  • 阅读 ( 8539 )

关于生信人问答平台金币产生及获取

生信人问答平台本着知识分享,互助共进的原则,提供给广大生信人分享知识,获取知识的网络平台,在本平台中采用金币作为唯一衡量知识贡献的标准,金币不提供充值,是本平台的知识的象征,他只能由知识产生,产生规则如下

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  • admin
  • 发布于 2017-08-01 21:24
  • 阅读 ( 8521 )