线粒体基因组测序策略和方法
背景介绍 线粒体由于其较为保守，常用于物种进化分析和分类研究。而对于线粒体基因组测序分析的常用策略和方法，可能大家较为陌生，小编在此简单的介绍下常用的测序策略。 方法 1、第...
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- SXR
- 发布于 2017-04-14 11:45
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SXR
Cell：人体细菌到究竟有多少，再作报告必引此文
关于人体细菌与人体细胞的比例，有众多文章和学术报告反复引用1972年关于细菌数量是人体细胞10倍的结论来突出细菌的重要性。然而这一46年前的粗糙结论显然不符合最新研究的结果。 以色列魏茨...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-25 17:31
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刘永鑫
2020年5+生信文章什么样？
话不多说，直奔主题。（看发表时间，很新鲜） 这杂志大家也不陌生，都是老朋友了，生信友好型杂志。 看看文章都干了什么： 1.故事背景 作者系统性的开发了一个跨越不同转录组平台和病人队...
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- 生信分析流
- 发布于 2020-03-30 11:33
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生信分析流
张海伦
分享一个绘制带置信区间的ROC曲线的代码模板
效果图如： library(timeROC)library(survival)ROC.DSST=timeROC(T=time, delta=status ,marker=test.score, cause=1,weighting="marginal", times=c(12,12*3,1...
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- 祝让飞
- 发布于 2019-02-18 10:38
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祝让飞
宏基因组实战3. MEGAHIT组装拼接及quast评估
前情提要 如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-30 17:50
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使用linux终端下载GEO数据
Bioconductor的GEOquery几个常用函数可以实现GEO数据的下载，但有时候我想直接通过终端下载而不是使用Rstudio然后运行脚本的方式，所以下面用shell脚本对GEOquery两个下载函数getGEO()以及getGEOSuppFiles()进行了简单的封装。
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- 王诗翔
- 发布于 2018-01-16 13:50
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王诗翔
解析一篇三分多的甲基化文章：全基因组甲基化分析鉴定结肠腺癌中的新型预后甲基化标志物
该文发表与2018年9月，二区，3.4分 DNA甲基化是一种主要的表观遗传机制，是基因表达的重要调节因子，可以抑制转录因子的结合或抑制蛋白的募集。以前的研究表明，表观 遗传基因调控中的DNA 甲基...
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- 祝让飞
- 发布于 2019-02-18 13:27
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文献解读（5）具有丰富瘤内CD103+CD8 + T细胞的胃癌免疫原性亚型的鉴定和验证
CD103 + CD8 + T细胞可能是预测胃癌患者预后和治疗效果的有用标志物。致力于增加肿瘤内CD103 + CD8 + T细胞频率可能是胃癌的一种新的治疗策略。
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- 柚子
- 发布于 2020-04-14 15:38
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柚子
文虎
Meta分析全程教程
零基础，想“短平快”不做实验发SCI的同学；讲师郎中1987对于meta分析的专业程度是现在少有人可以相比的，他发的30多篇文章里90%都是Meta分析，足见他对Meta套路的熟谙。
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- 王国胜
- 发布于 2018-09-03 17:08
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王国胜
生信文献解读（1）多组学数据的生存分析识别胰腺癌中的预后标志物
文章通过对TCGA中的PDAC甲基化以及表达等数据进行分析，使用差异表达，生存分析，功能富集等生信方法，最终识别出了PDAC的预后标志物。
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- 柚子
- 发布于 2019-08-26 13:15
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生信文章解析（第七篇）非小细胞肺癌中免疫应答相关的突变特征以及驱动基因
研究非小细胞肺癌免疫应答相关的signature的文章，整合了113例经过ICB治疗的非小细胞肺癌样本的体细胞突变谱以及临床信息。研究的目的是刻画经ICB治疗的非小细胞肺癌患者的突变特征和预后。
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- 柚子
- 发布于 2019-08-15 10:44
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百迈客
使用TCGA做CeRNA又有了便捷的方法
在早先时候我介绍了CeRNA的一些做法，尤其是怎么构建CeRNA网络和怎么去对网络做剪枝，在视频中都是针对于不需要编程去操作，实际上如果你会R的话，下面介绍的工具会让你事半功倍。 这是一篇上...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-13 09:52
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爽儿
美吉生物
