干货|基因注释方法论

简单介绍基因预测方法 现如今随着测序技术的发展，组装一个完整的基因组也是越来越普遍，价格已经不像前些年那样昂贵（当然超大基因组除外），待基因组组装完成后，基因预测将会是接下来需要进...

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• 张海伦
• 发布于 2017-08-02 20:36
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生信文章解析（第二篇）使用深度学习的方法整合多组学数据预测肝癌预后

作者使用深度学习的方法整合多组学数据，对HCC样本群进行了预后分型，并且评估了模型的鲁棒性，及分型效能，对这个方法感兴趣或者也在研究预后的小伙伴可以仔细研读下这篇文献哦。

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• 柚子
• 发布于 2019-07-30 10:55
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动态列线图简易绘制工具

同样是构建多因素回归模型，往往我们另一个主要目的是为了对结局事件的发生风险进行预测，那么是否也可以将预测模型的结果，像森林图那样可视化地展示出来呢?列线图(Nomogram)是一种最佳的展示...

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• admin
• 发布于 2021-10-17 18:04
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两篇文章一字之差，影响因子差了三倍，他们都干了啥？（第二篇）

话不多说先上图： 最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程，检索素材时发现了一篇文章，哦不，是两篇，他们长的几乎一样，且看： Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-e...

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• 祝让飞
• 发布于 2018-10-16 16:27
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小白福音：TCGA突变瀑布图简易个性化绘制工具

突变相关分析的时候我们经常会选择瀑布图进行展示，瀑布图看起来十分的复杂高端，TCGA数据库中提供了近30种肿瘤的外显子测序数据，在这里我们开发了一个 个性化的工具 可以快速的展示指定基因在...

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• admin
• 发布于 2021-10-25 12:07
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PICRUSt：16S预测宏基因组-扩增子分析锦上添花

16S分析能获得的信息比较有限，一般找到差异OTU，就很难再深入分析了。 如何把差异OTU与细菌自身的基因组功能建立联系呢？很多人在这方面做出了努力。

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• 刘永鑫
• 发布于 2017-10-13 20:02
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医学统计学-卡方检验

1. 卡方分布当自由度趋于无穷大时，图形趋于正态分布 # 产生服从卡方分布的观测数为1000的样本 df_n <- seq (1 , 5 ) chisq_data <- function (n ){  x <- seq (- 0.2 , 16 , length = 300 )  prob &lt

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• 生信
• 发布于 2018-08-30 08:58
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karyoploteR：基因组可视化定制版

简介 karyoploteR是Bioconductor的一个包。这个包主要功能是可以用它来肆意的绘制基因组相关的可视化，文章说了任何数据都可以。这个软件的特点就是自由，半自动话，他只是提供一些组件和工...

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• 张海伦
• 发布于 2017-06-08 15:07
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TCGA RNASeq数据归一化工具使用例子

例子1： 有多个FPKM文件如： 打开软件，点击“选择多个文件”按钮，然后选择要转换的FPKM样本，当然值得注意的是左侧的复选框，复选框勾选的才会进行转换 然后左下角选择需要转换的方法，我...

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• 祝让飞
• 发布于 2017-09-01 17:07
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微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车

本文转载自“宏基因组”公众号，作者朱微金，己获原作者授权。写在前面 作为纯wet遗传学博士，转行微生物组领域已经有两年。目睹微生物组文章中分析所占比重之大，让我痛下决心苦学dry技能。目前...

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• 刘永鑫
• 发布于 2017-10-17 10:13
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基因组去哪儿了

今天跟大家解读下发在gigascience上的三篇基因组文章：大额牛、椰子和人参。

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• 张海伦
• 发布于 2017-10-14 10:57
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数据分析技巧、基因定位文献解读合辑

这一期的合辑包括数据分析技巧和基因定位经典文献的解读。

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• 组学生物
• 发布于 2018-03-12 14:53
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警告：TCGA 官网下载甲基化注释文件错误！！！

今天我的一个师妹发现 TCGA下载的甲基化450k的数据注释中存在五千来个位点注释的位置一致，顺便给我丢了两个位点cg02493986和cg04652208；查阅之后发现这两个位点确实注释在了同一个位置上，这...

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• 祝让飞
• 发布于 2018-08-08 20:28
• 阅读 ( 7628 )

宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用

前情提要 如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系列前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...

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• 刘永鑫
• 发布于 2017-11-22 23:37
• 阅读 ( 7628 )

SIFT ：预测氨基酸替代是否影响蛋白功能的工具

SIFT ——预测氨基酸替代是否影响蛋白功能 SIFT是预测氨基酸替代是否影响蛋白功能的开放性工具，由A*STAR（Agency for Science, Technology and Research）资金赞助，GIS （Genome Institue of ...

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• SXR
• 发布于 2017-04-05 09:52
• 阅读 ( 7617 )

ggrepel-解决散点图样品标签重叠，方便筛选样品

ggrepel解决标签之间重叠问题简介 有时样本比较多，而我们想在图形中添加标签的时候，容易出现标签遮盖的问题。 尤其是在扩增子研究中，在相同基因型、环境条件宿主(温室植物、饲养动物)至少...

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• 刘永鑫
• 发布于 2018-01-02 20:14
• 阅读 ( 7535 )

宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

前情提要 如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...

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• 刘永鑫
• 发布于 2017-11-13 20:33
• 阅读 ( 7517 )

16S预测细菌组表型-bugbase：革兰氏阴阳、生物膜、致病力、移动元件、氧气消耗等

基于16S OTU表预测细菌表型数据库，同时可进行组间差异分析 BugBase Predicts Organism Level Microbiome Phenotypes Tonya Ward, Jake Larson, Jeremy Meulemans, Ben Hillmann, Joshua Lynch...

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• 刘永鑫
• 发布于 2017-12-15 08:31
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甲基化研究新发现：与DNMT3A有关的CpG岛高甲基化是急性髓性白血病过程中的结果

摘要 DNMT3A突 变发生在约25%的急性髓性白血病（AML）病人中。最普遍的突变是 ， DNMT3A R882H ， 在体内能减少约80%的DNA甲基化活动。为了理解白血病中DNMT3A有关的甲基化活动的作用，在带有DNMT3A

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• 祝让飞
• 发布于 2018-08-20 17:50
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视频讲解0实验成本的发文方法——基因家族分析

视频教程讲解基因家族分析方法，真正做到“用别人的数据，发自己的文章”！

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• 组学生物
• 发布于 2018-03-12 14:45
• 阅读 ( 7495 )