宏基因组实战2. 数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
本文英文原版见下方github链接，由中科院朱微金博士翻译、测试、并进行中文注释和补充，全网首发“宏基因组”公众号。 https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/toc.html 前...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-26 13:51
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刘永鑫
干货|基因注释方法论
简单介绍基因预测方法 现如今随着测序技术的发展，组装一个完整的基因组也是越来越普遍，价格已经不像前些年那样昂贵（当然超大基因组除外），待基因组组装完成后，基因预测将会是接下来需要进...
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- 张海伦
- 发布于 2017-08-02 20:36
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张海伦
干货收藏！生命科学和医学SCI期刊大汇总！
图片 | 摄图网 SCI的全称为Science Citation Index，翻译过来是“科学引文索引”。 SCI论文是被SCI索引收录的期刊所刊登的论文。SCI的原意是要帮助科研人员有效获取文献信息。 SCI现在对科研
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- 生信分析流
- 发布于 2018-08-26 13:07
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生信分析流
SXR
文章分享（一）What？肿瘤纯度是一个潜在的关键因素
在胶质瘤组织中不仅仅只包含胶质瘤细胞，也存在与胶质瘤相关的非肿瘤细胞，如基质细胞以及免疫细胞。这些非肿瘤细胞稀释了胶质瘤细胞的纯度，并且在胶质瘤的生物学过程中起到重要作用，但是胶质瘤纯度变化的影响仍不是十分清楚，这篇文章旨在研究这个问题。
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- 柚子
- 发布于 2019-07-25 10:07
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柚子
沈玮涛
宏基因组实战5. sourmash基于Kmer比较数据集
前情提要 如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-07 08:56
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weilong
生信文章解析（第二篇）使用深度学习的方法整合多组学数据预测肝癌预后
作者使用深度学习的方法整合多组学数据，对HCC样本群进行了预后分型，并且评估了模型的鲁棒性，及分型效能，对这个方法感兴趣或者也在研究预后的小伙伴可以仔细研读下这篇文献哦。
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- 柚子
- 发布于 2019-07-30 10:55
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WGCNA分析，简单全面的最新教程
本文应该是第二全的WGCNA分析教程，参考了最新的文档。第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的 二代三代 转录组测序分析实战班上 ，欢迎 点击链接了 解更多。 WGCNA基
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-10-26 18:01
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shengxinbaodian
TCGA ID转换器使用说明
为了便于新版TCGA RNA-Seq数据的转换提取，特制作RNA-Seq数据的ENSG_ID转换成lncRNA、编码蛋白基因、假基因等的转换器
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- 祝让飞
- 发布于 2017-08-04 17:05
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祝让飞
宏基因组实战6. 不比对快速估计基因丰度Salmon
前情提要 如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-08 21:09
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16S+功能预测也能发Sciences：尸体降解过程中的微生物组
Metcalf, J. L., et al. (2016). "Microbial community assembly and metabolic function during mammalian corpse decomposition." Science 351(6269): 158-162. 于2015年12月10日在线发表，...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-03-21 20:13
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批量计算生存分析工具说明
生存分析：对一个或多个非负随机变量进行统计推断，研究生存现象和响应时间数据及其统计规律的一门学科,既考虑结果又考虑生存时间的一种统计方法，并可充分利用截尾数据所提供的不完全信息，对...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-08-16 14:30
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宏基因组分析实战教程1. 背景知识
上次我写的学习经验和推荐的教程——《微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车》，小伙伴们当天阅读破2700+人次，3.5天破3000+，达到了宏基因组快车满三千人发车的要求。我也按约定...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-23 20:37
- 阅读 ( 8805 )
生信文章解析（第八篇）胃癌中m6A修饰的减少预示恶性表型以及Wnt/PI3K-Akt信号通路增强
文章结合CG的表达信息，采用功能富集生存分析等方法推断出m6A-损失介导致癌信号传导（例如Wnt和PI3K-Akt）可以优先促进GC进展，系统的阐明了m6A在GC中的临床病理学作用，研究了m6A对肿瘤功能抑制及其潜在分子机制。
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- 柚子
- 发布于 2019-08-15 11:29
- 阅读 ( 8803 )
单组或多组相关性散点图
计算两组数据的相关性，用散点图和拟合曲线可以完美展示数据内在的分布，在这里我们开发了相关性散点图的简易绘制工具，不仅可以支持单组数据，也支持多组数据绘制在一张图上或者绘制在多张图上...
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- admin
- 发布于 2021-07-29 09:59
- 阅读 ( 8731 )
admin
deepxin
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