《TCGA数据下载的终极篇》
一个基因对应多个探针
在胶质瘤组织中不仅仅只包含胶质瘤细胞,也存在与胶质瘤相关的非肿瘤细胞,如基质细胞以及免疫细胞。这些非肿瘤细胞稀释了胶质瘤细胞的纯度,并且在胶质瘤的生物学过程中起到重要作用,但是胶质瘤纯度变化的影响仍不是十分清楚,这篇文章旨在研究这个问题。
生信人问答平台文章发布注意事项
文章通过对TCGA中的PDAC甲基化以及表达等数据进行分析,使用差异表达,生存分析,功能富集等生信方法,最终识别出了PDAC的预后标志物。
CD103 + CD8 + T细胞可能是预测胃癌患者预后和治疗效果的有用标志物。致力于增加肿瘤内CD103 + CD8 + T细胞频率可能是胃癌的一种新的治疗策略。
关于人体细菌与人体细胞的比例,有众多文章和学术报告反复引用1972年关于细菌数量是人体细胞10倍的结论来突出细菌的重要性。然而这一46年前的粗糙结论显然不符合最新研究的结果。 以色列魏茨...
前情提要 如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...
为了便于新版TCGA RNA-Seq数据的转换提取,特制作RNA-Seq数据的ENSG_ID转换成lncRNA、编码蛋白基因、假基因等的转换器
串联基因在基因预测中还是很难处理的,你有考虑吗?
其实前段时间小编已经给大家分享了单基因泛癌分析,拿着自己研究的基因,通过Sangger box云平台就可以得到了属于自己的单基因分析报告(如果有兴趣的话可以去翻一下那篇文章) 强调:代码编程和网页小工具只是数据分析方法,重要是研究思路,如何将分析结果将生物学含义联系起来才是至关重要的点。 下面这篇文章的分析内容比小伙伴们拿到的那份分析报告内容少了很多,但是文章分数却不低,文章的题目虽然是关于胃癌的,但是作者研究的研究思路却是泛癌,值得小伙伴们借鉴。一起来看看吧!
上次我写的学习经验和推荐的教程——《微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车》,小伙伴们当天阅读破2700+人次,3.5天破3000+,达到了宏基因组快车满三千人发车的要求。我也按约定...
生存分析:对一个或多个非负随机变量进行统计推断,研究生存现象和响应时间数据及其统计规律的一门学科,既考虑结果又考虑生存时间的一种统计方法,并可充分利用截尾数据所提供的不完全信息,对...
2018年国自然基金评审结束,今年基金委共资助面上项目18,947项、青年科学基金项目17,671项、优秀青年科学基金项目400项、重点项目701项、重大项目1项、重点国际(地区)合作研究项目106项。 其
本文介绍如何使用nginx安装JBrowse
很久没有写稿子了,今天给大家分享一篇纯生信的SCI,思路简单粗暴。文章2017年发表在Oncotarget上(虽然已经牺牲了),但是我们可以取其精华呀,只要还有值得我们学习的地方,我们就挖掘出来。
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同样是构建多因素回归模型,往往我们另一个主要目的是为了对结局事件的发生风险进行预测,那么是否也可以将预测模型的结果,像森林图那样可视化地展示出来呢?列线图(Nomogram)是一种最佳的展示...
作者使用深度学习的方法整合多组学数据,对HCC样本群进行了预后分型,并且评估了模型的鲁棒性,及分型效能,对这个方法感兴趣或者也在研究预后的小伙伴可以仔细研读下这篇文献哦。
一致性聚类是一种为确定数据集中可能的聚类的数量和成员提供定量证据的方法,例如作为微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用,在那里发现了新的疾病分子亚类。 一致性聚类方...