关于国际期刊预警的整理

对于期刊和过去自己一些文章的检查，可以参考中科院amend学术论文预警系统

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• chris
• 发布于 2023-01-31 13:22
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快速解读：3-5分的蛋白质组学文章思路

3-5分蛋白质组学文章思路！

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• 组学生物
• 发布于 2018-07-13 09:54
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你还不会安装Circos？其实就三步！！！

本文内容首发于【计算表观遗传学】公众号，对表观遗传学领域感兴趣的朋友可以移步了解更多。如有疑问可留言交流。

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• Jason Y.J. Wei
• 发布于 2017-10-13 16:55
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TCGA RNASeq数据归一化工具使用例子

例子1： 有多个FPKM文件如： 打开软件，点击“选择多个文件”按钮，然后选择要转换的FPKM样本，当然值得注意的是左侧的复选框，复选框勾选的才会进行转换 然后左下角选择需要转换的方法，我...

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• 祝让飞
• 发布于 2017-09-01 17:07
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宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用

前情提要 如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系列前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...

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• 刘永鑫
• 发布于 2017-11-22 23:37
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如何提问才能获得更多回答

爱因斯坦曾说：“提出一个问题往往比解决一个问题更为重要，因为解决一个问题也许只是一个数学上或实验上的技巧问题。而提出新的问题、新的可能性，从新的角度看旧问题，却需要创造性的想像力，而且标志着科学的真正进步。”

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• admin
• 发布于 2017-03-28 20:55
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分享一段从KEGG通路中提取基因互作数据的R代码

从KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）网站上获得差异表达基因所富集通路的XML文件。使用R包XML提取这些XML文件中的relation，entry和group关系。然后利用脚本组合它们从中提取其...

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• 祝让飞
• 发布于 2019-03-21 15:10
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limma的两个弟弟：edgeR和DESeq2

01 — 研究背景 上一篇公众号我们为大家详细的介绍了R软件包limma筛选差异基因，limma包做差异分析要求数据满足正态分布或近似正态分布，如基因芯片、TPM格式的高通量测序数据。随着高...

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• 柚子
• 发布于 2020-05-26 11:09
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海马基因组文章解读

  斯须九重真龙出， 一洗万古凡马空。   龙是中国人的图腾，可以目前尚不确定其是否存在，目前也更没有相关的基因组研究，但是16年测过一个海龙科的物种，也就是海马基因组。接下来详细的给大家...

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• SXR
• 发布于 2017-05-04 09:24
• 阅读 ( 8376 )

基因组学数据分析常用的在线资源

最前沿的在线资源列表

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• Bryce
• 发布于 2017-11-22 23:19
• 阅读 ( 8374 )

开源基因组浏览器JBrowse教程系列第二篇：使用拟南芥基因组演示怎么配置JBrowse

本文以拟南芥为例演示了JBrowse的配置。

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• deepxin
• 发布于 2017-08-09 17:31
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南瓜基因组

南瓜基因组 万圣节将至，南瓜灯和糖果是其不可缺少的东西，今天小编给大家简单介绍南瓜基因组文章。 背景 南瓜为葫芦科（Cucurbitaceae）南瓜属（Cucurbita）中的一年生草本植物，起源于...

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• 张海伦
• 发布于 2017-10-20 14:39
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最新藜麦基因组文章解读

2017年利用三代重新组装的藜麦基因组文献解读

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• SXR
• 发布于 2017-03-28 20:36
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八种免疫浸润评分的简易计算工具

肿瘤免疫已经是热点中的热点，逐渐成为数据分析中的标准分析了，在这里我们封装了八种常见的免疫微环境评分的计算方法，界面非常简单，输入的是表达谱矩阵，行为基因，列为样本。 使用该工具是...

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• admin
• 发布于 2021-07-23 10:50
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生信文章解析（第五篇）IPM对HCC免疫微环境影响的综合分析

作者研究了不同人群和平台中TP53突变状态和RNA表达，并建立了基于免疫相关基因的免疫预后模型（IPM），这些基因在不具有TP53 突变和TP53突变型HCC样本之间差异表达。然后，作者综合分析了IPM对HCC免疫微环境的影响。

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• 柚子
• 发布于 2019-07-30 17:47
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视频讲解0实验成本的发文方法——基因家族分析

视频教程讲解基因家族分析方法，真正做到“用别人的数据，发自己的文章”！

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• 组学生物
• 发布于 2018-03-12 14:45
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文献解读（2）在鉴别肺腺癌患者与预后相关 immune signatures

发表期刊：Cellular Oncology 发表日期：2020 May 28 影响因子：5.52 DOI: 10.1007/s13402-020-00515-7

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• 柚子
• 发布于 2020-06-15 15:47
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宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

前情提要 如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...

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• 刘永鑫
• 发布于 2017-11-13 20:33
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用lasso做预后模型的简易工具

Lasso是Least Absolute Shrinkage and Selection Operator的简称，是一种采用了L1正则化（L1-regularization)的线性回归方法，采用了L1正则会使得部分学习到的特征权值为0，从而达到稀疏化和特...

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• admin
• 发布于 2021-09-16 20:15
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肿瘤TMB的计算原理及数学模型

一种肿瘤TMB的计算原理及数学模型的方法

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• chendz
• 发布于 2019-12-09 11:07
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