TCGA RNASeq数据归一化工具使用例子
例子1： 有多个FPKM文件如： 打开软件，点击“选择多个文件”按钮，然后选择要转换的FPKM样本，当然值得注意的是左侧的复选框，复选框勾选的才会进行转换 然后左下角选择需要转换的方法，我...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-09-01 17:07
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祝让飞
GST pull down实验—gst融合蛋白沉降技术原理
GST pull down原理：先将体外表达的GST融合蛋白结合到谷胱甘肽Beads上，再将靶蛋白-GST-Beads和细胞裂解液孵育，这样互作蛋白便一起吸附在Beads上。洗涤掉未结合的蛋白后，再用洗脱液将互作蛋白复合物从Beads洗脱下来，即GST pulldown产物。这种互作复合物既可以用WesternBlot检测已知蛋白，也可以用质谱鉴定出未知蛋白。广泛应用于筛选或验证和靶蛋白的互作蛋白。
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- 辉骏生物
- 发布于 2021-04-15 17:00
- 阅读 ( 8288 )
辉骏生物
16S预测细菌组表型-bugbase：革兰氏阴阳、生物膜、致病力、移动元件、氧气消耗等
基于16S OTU表预测细菌表型数据库，同时可进行组间差异分析 BugBase Predicts Organism Level Microbiome Phenotypes Tonya Ward, Jake Larson, Jeremy Meulemans, Ben Hillmann, Joshua Lynch...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-12-15 08:31
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刘永鑫
分享一段从KEGG通路中提取基因互作数据的R代码
从KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）网站上获得差异表达基因所富集通路的XML文件。使用R包XML提取这些XML文件中的relation，entry和group关系。然后利用脚本组合它们从中提取其...
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- 祝让飞
- 发布于 2019-03-21 15:10
- 阅读 ( 8217 )
宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用
前情提要 如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系列前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-22 23:37
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SXR
生信文章解析（第五篇）IPM对HCC免疫微环境影响的综合分析
作者研究了不同人群和平台中TP53突变状态和RNA表达，并建立了基于免疫相关基因的免疫预后模型（IPM），这些基因在不具有TP53 突变和TP53突变型HCC样本之间差异表达。然后，作者综合分析了IPM对HCC免疫微环境的影响。
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- 柚子
- 发布于 2019-07-30 17:47
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柚子
如何提问才能获得更多回答
爱因斯坦曾说：“提出一个问题往往比解决一个问题更为重要，因为解决一个问题也许只是一个数学上或实验上的技巧问题。而提出新的问题、新的可能性，从新的角度看旧问题，却需要创造性的想像力，而且标志着科学的真正进步。”
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- admin
- 发布于 2017-03-28 20:55
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admin
视频讲解0实验成本的发文方法——基因家族分析
视频教程讲解基因家族分析方法，真正做到“用别人的数据，发自己的文章”！
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- 组学生物
- 发布于 2018-03-12 14:45
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组学生物
宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
前情提要 如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-13 20:33
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chris
张海伦
limma的两个弟弟：edgeR和DESeq2
01 — 研究背景 上一篇公众号我们为大家详细的介绍了R软件包limma筛选差异基因，limma包做差异分析要求数据满足正态分布或近似正态分布，如基因芯片、TPM格式的高通量测序数据。随着高...
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 11:09
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Bryce
开源基因组浏览器JBrowse教程系列第二篇：使用拟南芥基因组演示怎么配置JBrowse
本文以拟南芥为例演示了JBrowse的配置。
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- deepxin
- 发布于 2017-08-09 17:31
- 阅读 ( 7963 )
deepxin
用lasso做预后模型的简易工具
Lasso是Least Absolute Shrinkage and Selection Operator的简称，是一种采用了L1正则化（L1-regularization)的线性回归方法，采用了L1正则会使得部分学习到的特征权值为0，从而达到稀疏化和特...
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- admin
- 发布于 2021-09-16 20:15
- 阅读 ( 7934 )
宏基因组实战9. 组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi'o
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-20 20:28
- 阅读 ( 7932 )
八种免疫浸润评分的简易计算工具
肿瘤免疫已经是热点中的热点，逐渐成为数据分析中的标准分析了，在这里我们封装了八种常见的免疫微环境评分的计算方法，界面非常简单，输入的是表达谱矩阵，行为基因，列为样本。 使用该工具是...
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- admin
- 发布于 2021-07-23 10:50
- 阅读 ( 7845 )
爽儿
