开源基因组浏览器JBrowse教程系列第二篇：使用拟南芥基因组演示怎么配置JBrowse

本文以拟南芥为例演示了JBrowse的配置。

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• deepxin
• 发布于 2017-08-09 17:31
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更新了！《TCGA数据下载的终极篇》

《TCGA数据下载的终极篇》

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• 柚子
• 发布于 2020-04-28 10:41
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KaplanMeier生存曲线绘制工具

在临床研究中，生存曲线（又称Kaplan-Meier曲线）是最常用图片之一，旨在描述各组患者的生存状况。一张漂亮的、专业的生存曲线图不仅可以令编辑、读者和审稿专家眼前一亮，同时也能为论文增色不...

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• admin
• 发布于 2021-06-24 10:22
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第一代测序技术介绍

黄金的一代测序

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• SXR
• 发布于 2017-03-28 20:57
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两篇胃癌lncRNA signature文章解读之一（IF=7.7）

这是一篇2016年的文章，文章从lncRNA的角度筛选lncRNA signature，该文章发表在Molecular Cancer上，影响因子如下： 下面我们一起来解析一下这篇文章 文章标题如： 看signature大体思路...

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• 祝让飞
• 发布于 2018-10-08 21:01
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16S预测宏基因组最强R包-Tax4Fun

之前在公众号的文章《根据16S预测微生物群落功能最全攻略》阅读人数近3000人，有需求的用户还是非常多的。其中提到了4个软件，之前已经介绍了其中非常有特点的三种，分别为： PICRUSt预测宏基...

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• 刘永鑫
• 发布于 2018-01-03 09:47
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生信文章解析（第二篇）使用深度学习的方法整合多组学数据预测肝癌预后

作者使用深度学习的方法整合多组学数据，对HCC样本群进行了预后分型，并且评估了模型的鲁棒性，及分型效能，对这个方法感兴趣或者也在研究预后的小伙伴可以仔细研读下这篇文献哦。

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• 柚子
• 发布于 2019-07-30 10:55
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收藏|已公布的三代全长转录组数据

目前已发表的三代全长转录组数据。

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• 张海伦
• 发布于 2017-07-26 09:27
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R语言可以这么玩 |可视化中文分词和词频统计！~

中文分词，R语言也可以搞定！~

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• 易统计
• 发布于 2017-04-24 15:33
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做富集分析不一定非得用R,结果依然秀色可餐

    那么经过前面一系列的操作后，终于拿到我们需要的差异基因，下面就要开始这些差异基因的表演了，估计大家首先想到就是这些基因有一个什么功能，首选就是KEGG和GO富集分析，目前大家常用的是...

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• 调研图
• 发布于 2018-06-15 20:11
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生信文章解析（第五篇）IPM对HCC免疫微环境影响的综合分析

作者研究了不同人群和平台中TP53突变状态和RNA表达，并建立了基于免疫相关基因的免疫预后模型（IPM），这些基因在不具有TP53 突变和TP53突变型HCC样本之间差异表达。然后，作者综合分析了IPM对HCC免疫微环境的影响。

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• 柚子
• 发布于 2019-07-30 17:47
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R语言交互式可视化包CanvasXpress

作者简介 刘永鑫，博士。2008年和2011年毕业东北农业大学微生物学和作物遗传育种专业。2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，...

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• 刘永鑫
• 发布于 2018-02-15 11:18
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宏基因组分析实战教程1. 背景知识

上次我写的学习经验和推荐的教程——《微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车》，小伙伴们当天阅读破2700+人次，3.5天破3000+，达到了宏基因组快车满三千人发车的要求。我也按约定...

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• 刘永鑫
• 发布于 2017-10-23 20:37
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你还不会安装Circos？其实就三步！！！

本文内容首发于【计算表观遗传学】公众号，对表观遗传学领域感兴趣的朋友可以移步了解更多。如有疑问可留言交流。

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• Jason Y.J. Wei
• 发布于 2017-10-13 16:55
• 阅读 ( 6257 )

基因组学数据分析常用的在线资源

最前沿的在线资源列表

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• Bryce
• 发布于 2017-11-22 23:19
• 阅读 ( 6160 )

海马基因组文章解读

  斯须九重真龙出， 一洗万古凡马空。   龙是中国人的图腾，可以目前尚不确定其是否存在，目前也更没有相关的基因组研究，但是16年测过一个海龙科的物种，也就是海马基因组。接下来详细的给大家...

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• SXR
• 发布于 2017-05-04 09:24
• 阅读 ( 6160 )

甲基化研究新发现：与DNMT3A有关的CpG岛高甲基化是急性髓性白血病过程中的结果

摘要 DNMT3A突 变发生在约25%的急性髓性白血病（AML）病人中。最普遍的突变是 ， DNMT3A R882H ， 在体内能减少约80%的DNA甲基化活动。为了理解白血病中DNMT3A有关的甲基化活动的作用，在带有DNMT3A

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• 祝让飞
• 发布于 2018-08-20 17:50
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文献解读（5）三阴性乳腺癌与免疫微环境

研究纳入了WCH的76例TNBC患者和来自TCGA的158例TNBC患者。作者基于转录组数据，使用基于基因标记的xCell方法计算了34种免疫细胞的整体免疫得分和类型特异的富集得分。由Cox比例风险模型计算无复发生存率(RFS)和总生存率(OS)的HRs，研究细胞与预后的关系。

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• 柚子
• 发布于 2019-12-25 18:32
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南瓜基因组

南瓜基因组 万圣节将至，南瓜灯和糖果是其不可缺少的东西，今天小编给大家简单介绍南瓜基因组文章。 背景 南瓜为葫芦科（Cucurbitaceae）南瓜属（Cucurbita）中的一年生草本植物，起源于...

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• 张海伦
• 发布于 2017-10-20 14:39
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分享一段从KEGG通路中提取基因互作数据的R代码

从KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）网站上获得差异表达基因所富集通路的XML文件。使用R包XML提取这些XML文件中的relation，entry和group关系。然后利用脚本组合它们从中提取其...

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• 祝让飞
• 发布于 2019-03-21 15:10
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