PICRUSt：16S预测宏基因组-扩增子分析锦上添花
16S分析能获得的信息比较有限，一般找到差异OTU，就很难再深入分析了。 如何把差异OTU与细菌自身的基因组功能建立联系呢？很多人在这方面做出了努力。
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 20:02
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刘永鑫
多种生信套路组合——发4分的文章
这篇文章今年1月份发表在J Cell Mol Med上；文章只有两套数据，一套训练集和一套验证集；作者构建的模型AUC也不是很高，但是文章的分数发了4.6分。 主要原因是作者能够将很多常规分析串起来，这些分析大家在泛癌课程和之前分享的文章、小工具推文中大家都接触过。 所以小编提议大家多看文章，英文看不懂，没有关系，可以先看小编的解读，再看看原文，锻炼自己的思维。
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- 欢乐豆
- 发布于 2020-06-10 23:20
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欢乐豆
两篇文章一字之差，影响因子差了三倍，他们都干了啥？（第二篇）
话不多说先上图： 最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程，检索素材时发现了一篇文章，哦不，是两篇，他们长的几乎一样，且看： Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-e...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-10-16 16:27
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祝让飞
文献解读（5）三阴性乳腺癌与免疫微环境
研究纳入了WCH的76例TNBC患者和来自TCGA的158例TNBC患者。作者基于转录组数据，使用基于基因标记的xCell方法计算了34种免疫细胞的整体免疫得分和类型特异的富集得分。由Cox比例风险模型计算无复发生存率(RFS)和总生存率(OS)的HRs，研究细胞与预后的关系。
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- 柚子
- 发布于 2019-12-25 18:32
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柚子
芦笋基因组揭示了Y染色体的起源和进化
背景 有花植物中，雌雄异株的植物仅占6%，涵盖约200个科60个属的14600个物种。所有雌雄异株植物有可能进化出性染色体，其中簸箕柳和芦笋等植物的同型性染色体处于进化早期。通常认为植物性染...
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- 张海伦
- 发布于 2017-11-06 20:49
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张海伦
调研图
SIFT ：预测氨基酸替代是否影响蛋白功能的工具
SIFT ——预测氨基酸替代是否影响蛋白功能 SIFT是预测氨基酸替代是否影响蛋白功能的开放性工具，由A*STAR（Agency for Science, Technology and Research）资金赞助，GIS （Genome Institue of ...
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- SXR
- 发布于 2017-04-05 09:52
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SXR
警告：TCGA 官网下载甲基化注释文件错误！！！
今天我的一个师妹发现 TCGA下载的甲基化450k的数据注释中存在五千来个位点注释的位置一致，顺便给我丢了两个位点cg02493986和cg04652208；查阅之后发现这两个位点确实注释在了同一个位置上，这...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-08 20:28
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R语言交互式可视化包CanvasXpress
作者简介 刘永鑫，博士。2008年和2011年毕业东北农业大学微生物学和作物遗传育种专业。2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-15 11:18
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如何做一个发表级的单基因在泛癌中的表达差异分析
众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，这是一个万能钥匙，因为如果这个基因只在你研究的肿瘤中差异表达的话说明了特异性，如果他在大多数...
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- admin
- 发布于 2021-07-04 15:37
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admin
karyoploteR：基因组可视化定制版
简介 karyoploteR是Bioconductor的一个包。这个包主要功能是可以用它来肆意的绘制基因组相关的可视化，文章说了任何数据都可以。这个软件的特点就是自由，半自动话，他只是提供一些组件和工...
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- 张海伦
- 发布于 2017-06-08 15:07
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甲基化研究新发现：与DNMT3A有关的CpG岛高甲基化是急性髓性白血病过程中的结果
摘要 DNMT3A突 变发生在约25%的急性髓性白血病（AML）病人中。最普遍的突变是 ， DNMT3A R882H ， 在体内能减少约80%的DNA甲基化活动。为了理解白血病中DNMT3A有关的甲基化活动的作用，在带有DNMT3A
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-20 17:50
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生信分析流
ggrepel-解决散点图样品标签重叠，方便筛选样品
ggrepel解决标签之间重叠问题简介 有时样本比较多，而我们想在图形中添加标签的时候，容易出现标签遮盖的问题。 尤其是在扩增子研究中，在相同基因型、环境条件宿主(温室植物、饲养动物)至少...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-02 20:14
- 阅读 ( 8409 )
微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车
本文转载自“宏基因组”公众号，作者朱微金，己获原作者授权。写在前面 作为纯wet遗传学博士，转行微生物组领域已经有两年。目睹微生物组文章中分析所占比重之大，让我痛下决心苦学dry技能。目前...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-17 10:13
- 阅读 ( 8390 )
组学生物
16S预测宏基因组最强R包-Tax4Fun
之前在公众号的文章《根据16S预测微生物群落功能最全攻略》阅读人数近3000人，有需求的用户还是非常多的。其中提到了4个软件，之前已经介绍了其中非常有特点的三种，分别为： PICRUSt预测宏基...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-03 09:47
- 阅读 ( 8354 )
你还不会安装Circos？其实就三步！！！
本文内容首发于【计算表观遗传学】公众号，对表观遗传学领域感兴趣的朋友可以移步了解更多。如有疑问可留言交流。
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- Jason Y.J. Wei
- 发布于 2017-10-13 16:55
- 阅读 ( 8345 )
Jason Y.J. Wei
