毁三观的生物学知识

课本里都是假的,呜呜

  • 0
  • 1
  • 百迈客
  • 发布于 2017-04-07 10:22
  • 阅读 ( 524 )

png如何转为svg格式:R语言

分分钟换成高清大图

  • 0
  • 3
  • SXR
  • 发布于 2017-04-07 09:51
  • 阅读 ( 523 )

生物信息毕业生如何走向应用

自扯自蛋

  • 0
  • 4
  • 张海伦
  • 发布于 2017-08-17 21:04
  • 阅读 ( 522 )

畅想未来的测序

这几天代表公司参加了Pacbio测序在武汉召开的会议,收获很多,特意跟大家分享下。 小编在学校学习的时候,由于就读于医科院校,老师经常会跟小编和小编的同学们讲,未来每个人都有一个基因身份...

  • 0
  • 1
  • 百迈客
  • 发布于 2017-06-02 11:32
  • 阅读 ( 522 )

水稻微生物组时间序列分析

中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律图文详解水稻根系微生物随时间变化吗?微生物组随时间变化的规律哪些菌门随时间呈现规律变化呢?哪些菌可以作为生育时间的biomarkers?猜...

  • 0
  • 2
  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-04-10 21:13
  • 阅读 ( 516 )

Nat. Biotechnol.扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究

本文“宏基因组”公众号原创。 作者:舟行天下编辑:metagenome 摘要 前段时间热心肠先生导读了《Nature子刊:高通量&无偏差,分析微生物群落的新方法》。 文中摘要提到:1.几十年以来细...

  • 0
  • 1
  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-10 22:41
  • 阅读 ( 511 )

illumina的bead 系列表达芯片扫盲

表达芯片大家最熟悉的当然是affymetrix系列芯片啦,而且分析套路很简单,直接用R的affy包,就可以把cel文件经过RMA或者MAS5方法得到表达矩阵。illumina出厂的芯片略微有点不一样,它的原始数据...

DECenter:简便的差异分析工具使用教程

DECenter:简便的差异分析工具使用教程

  • 1
  • 0
  • 调研图
  • 发布于 2018-07-12 20:44
  • 阅读 ( 503 )

视频教程:R语言recharts包绘制交互式图形

写在前面 你见过随月份变化的温度拆线图 你还见过可以鼠标点选显示详细信息、开关分组的散点图 互联网中铺天盖地的词云 线图、柱状图、堆叠图任意切换,不再为选择类型纠结 甚至...

  • 0
  • 1
  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-07 14:16
  • 阅读 ( 501 )

除了表达芯片,还有基因型芯片

想得到基因型,不一定需要测序,WGS,WES都太麻烦,已经有设计好的基因型芯片 各种基因型芯片的异同点

Python极其简单的分布式异步作业管理系统RQ入门

RQ是一个极其简单的作业管理系统,具有异步、分布式等特点,本文是一个简单的入门教程。

  • 0
  • 1
  • deepxin
  • 发布于 2017-08-14 17:19
  • 阅读 ( 477 )

GEO数据挖掘之火山图和热图绘制

那么数据预处理、数据标准化都已搞定,接下来进入数据分析阶段,那么本节主要怎么通过sangerbox中的DEcenter进行差异分析、根据差异分析结果使用火山图工具以及热图绘制工具。 1、首先让我们看...

  • 1
  • 0
  • 调研图
  • 发布于 2018-06-15 15:50
  • 阅读 ( 476 )

基本的shell编程知识,都在这里了

shell,一种壳层与命令行界面,是Unix操作系统下传统的用户和计算机的交互界面。第一个用户直接输入命令来执行各种各样的任务。 普通意义上的shell就是可以接受用户输入命令的程序。它之所以被称作shell是因为它隐藏了操作系统低层的细节。同样的Unix下的图形用户界面GNOME和KDE,有时也被叫做“虚拟shell”或“图形shell”。

  • 0
  • 1
  • 王诗翔
  • 发布于 2018-02-05 14:16
  • 阅读 ( 467 )

Weinberg教授继的癌症综述

简述了最近10年肿瘤学中的热点和进展,包括细胞自噬、肿瘤干细胞、肿瘤微环境等等,并且将原有的肿瘤细胞六大特征扩增到了十个.

功能很强大的数据集成工具ePlant介绍

系统生物学研究面临的一个重大挑战是不同的数据类型需要用到相对应的分析软件进行可视化等,而且这些分布范围比较广泛。为了个好的研究,每个物种都需要一个可以结合所有数据的强大的研究平台。...

  • 0
  • 0
  • 调研图
  • 发布于 2017-09-02 14:02
  • 阅读 ( 461 )

做富集分析不一定非得用R,结果依然秀色可餐

    那么经过前面一系列的操作后,终于拿到我们需要的差异基因,下面就要开始这些差异基因的表演了,估计大家首先想到就是这些基因有一个什么功能,首选就是KEGG和GO富集分析,目前大家常用的是...

  • 0
  • 0
  • 调研图
  • 发布于 2018-06-15 20:11
  • 阅读 ( 457 )

多套数据集我们分别筛完了差异该怎么去整合?

之前讲到通过DEcenter做差异分析,利用多套数据集都得到各自的差异基因,简单粗暴的可以通过Veen图的方法观察多套数据集中同时差异的基因,通过RRA算法简易实现工具来尝试更为合理整合方法。

  • 1
  • 0
  • 调研图
  • 发布于 2018-06-15 17:41
  • 阅读 ( 453 )

记一次ORFfinder本地化所遇到的问题

本地化ORFfinder本来是一件相当简单的事情,NCBI已经做的足够简洁,下载ORFfinder二进制文件,然后就可以了,但是我这边却遇到了难题。

  • 0
  • 1
  • deepxin
  • 发布于 2017-09-18 19:47
  • 阅读 ( 452 )

KEGG富集分析还可以这么美化

上一讲,讲解富集方法以及结果的可视化,那么这堂课为实战篇复现以下文章中的结果,并使用cytoscape美化可视化结果。 1、开始画面,一如既往的是操作步骤流程图 2、文章中KEGG结果部分解读...

  • 0
  • 0
  • 调研图
  • 发布于 2018-06-15 20:28
  • 阅读 ( 442 )

植物根际微生物组也有昼夜节律

植物根际微生物组存在昼夜节律 文章2017年6月发表在Microbiome上,与2016年Cell发表《微生物组昼夜节律影响宿主转录组波动》的小鼠文章思路相似,但材料原创。 摘要背景 昼夜节律调控植物...

  • 1
  • 1
  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-04-04 23:57
  • 阅读 ( 436 )