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甲基化研究新发现：与DNMT3A有关的CpG岛高甲基化是急性髓性白血病过程中的结果

摘要 DNMT3A突变发生在约25%的急性髓性白血病（AML）病人中。最普遍的突变是， DNMT3A R882H ，在体内能减少约80%的DNA甲基化活动。为了理解白血病中DNMT3A有关的甲基化活动的作用，在带有DNMT3A

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祝让飞
发布于 2018-08-20 17:50
阅读 ( 7859 )

一键计算泛癌中基因表达与TMB、MSI、purity、ploidy、HRD、LOH、新抗原的关系

众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析基因组异质性与基因表达的关系，比如 TMB：肿瘤突变负荷，TMB与PD-1/PD-L1抑制...

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admin
发布于 2021-10-05 11:51
阅读 ( 7849 )

生信文章解析（第五篇）IPM对HCC免疫微环境影响的综合分析

作者研究了不同人群和平台中TP53突变状态和RNA表达，并建立了基于免疫相关基因的免疫预后模型（IPM），这些基因在不具有TP53 突变和TP53突变型HCC样本之间差异表达。然后，作者综合分析了IPM对HCC免疫微环境的影响。

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柚子
发布于 2019-07-30 17:47
阅读 ( 7829 )

干货：如何将别人的芯片数据唯我所用，发自己的文章

别人芯片数据为我所用，用别人的数据发自己的文章

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调研图
发布于 2018-08-05 12:06
阅读 ( 7818 )

社区打赏功能使用教程

众人拾柴火焰高，为了鼓励广大生信爱好者分享知识，社区最新系统中增加了打赏功能以资鼓励生信人分享有用的知识。打赏功能设置如下：首先在账号设置（https://www.shengxin.ren/profile/bas...

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admin
发布于 2017-10-12 09:27
阅读 ( 7806 )

16S+功能预测也能发Sciences：尸体降解过程中的微生物组

Metcalf, J. L., et al. (2016). "Microbial community assembly and metabolic function during mammalian corpse decomposition." Science 351(6269): 158-162. 于2015年12月10日在线发表，...

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刘永鑫
发布于 2018-03-21 20:13
阅读 ( 7793 )

单组或多组相关性散点图

计算两组数据的相关性，用散点图和拟合曲线可以完美展示数据内在的分布，在这里我们开发了相关性散点图的简易绘制工具，不仅可以支持单组数据，也支持多组数据绘制在一张图上或者绘制在多张图上...

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admin
发布于 2021-07-29 09:59
阅读 ( 7787 )

16S预测宏基因组最强R包-Tax4Fun

之前在公众号的文章《根据16S预测微生物群落功能最全攻略》阅读人数近3000人，有需求的用户还是非常多的。其中提到了4个软件，之前已经介绍了其中非常有特点的三种，分别为： PICRUSt预测宏基...

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刘永鑫
发布于 2018-01-03 09:47
阅读 ( 7765 )

文献解读（5）三阴性乳腺癌与免疫微环境

研究纳入了WCH的76例TNBC患者和来自TCGA的158例TNBC患者。作者基于转录组数据，使用基于基因标记的xCell方法计算了34种免疫细胞的整体免疫得分和类型特异的富集得分。由Cox比例风险模型计算无复发生存率(RFS)和总生存率(OS)的HRs，研究细胞与预后的关系。

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柚子
发布于 2019-12-25 18:32
阅读 ( 7755 )

视频讲解0实验成本的发文方法——基因家族分析

视频教程讲解基因家族分析方法，真正做到“用别人的数据，发自己的文章”！

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组学生物
发布于 2018-03-12 14:45
阅读 ( 7742 )

多种生信套路组合——发4分的文章

这篇文章今年1月份发表在J Cell Mol Med上；文章只有两套数据，一套训练集和一套验证集；作者构建的模型AUC也不是很高，但是文章的分数发了4.6分。主要原因是作者能够将很多常规分析串起来，这些分析大家在泛癌课程和之前分享的文章、小工具推文中大家都接触过。所以小编提议大家多看文章，英文看不懂，没有关系，可以先看小编的解读，再看看原文，锻炼自己的思维。