热门的文章 - 生信人

SangerBox 永久下载地址（原生信人工具盒）

SangerBox 新一代数据分析盒子，集成常见的傻瓜式数据分析软件，让你轻松做分析。

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祝让飞
发布于 2017-11-09 16:15
阅读 ( 118186 )

你知道桑格组手公众号怎么查询即时影响因子了吗

好久没有更新公众号的杂志影响因子查询的功能了，最近做了一下改版，主要有两个方面： 1、优化了搜索方式，之前是需要输入完整的杂志名称才能查影响因子及分区，现在支持模糊搜索啦，比如搜索p...

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祝让飞
发布于 2019-11-26 20:00
阅读 ( 100640 )

R语言可以这么玩 |高质量图片这样导出！

众所周知，可视化是统计中不可缺少的一部分，也是很直观的传递信息的一种方式，并且SCI文章投稿最重要的也是对于图片的处理。一般杂志对图片要求：图片最低分辨率300DPI，部分杂志要求不低于6...

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易统计
发布于 2017-05-17 14:04
阅读 ( 70903 )

如何极其简单的使用GEO数据来做差异分析

无论你是要看某个基因是否差异表达或者筛选某个GEO数据集的差异基因，这个方法绝对能够帮助你事半功倍首先假设你已经找到了一套数据GSE32323 这套数据共包含44个样本，其中有17个配对的癌与...

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祝让飞
发布于 2017-09-28 10:48
阅读 ( 70523 )

这应该是史上最简单好用的GSEA富集分析工具了

GSEA是什么，这个请自行百度，在使用之前要知道GSEA是啥然后上工具截图：一般情况下咱们要做GSEA需要准备三个文件 1、gct格式的表达谱 2、分组文件 3、富集的背景文件，也就是gmt格式的...

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祝让飞
发布于 2017-09-19 10:12
阅读 ( 59233 )

GEO芯片数据转换器使用案例

以GEO芯片数据GSE14520为例：首先从GEO下载GSE14520数据: 从图中可以看出共有488个样本，我们选择MINiML格式的数据（软件只支持该格式），下载完：然后我们将该文件导入到软件中：从图...

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祝让飞
发布于 2017-08-10 10:57
阅读 ( 58109 )

TCGA和ICGC规定的44种癌症的简称和全称

不知道大家是不是需要中文译名。 lamlAcute Myeloid LeukemiaaccAdrenocortical carcinomablcaBladder Urothelial CarcinomabocaBone CancerlggBrain Lower Grade GliomabrcaBreast invasive c...

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生信菜鸟团
发布于 2017-08-29 20:56
阅读 ( 56607 )

那些年画过的热图之pheatmap美化过程

在基因的表达模式分析中，我们往往需要对多个基因表达数据进行可视化处理，使得我们所关注的基因在不同样本中表达情况一目了然。在日常研究中，我们往往习惯于选择热图实现这一基因表达模式可视化的需求，进而直观的表述我们的基因表达模式的分析结果。

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祝让飞
发布于 2017-06-26 20:57
阅读 ( 55635 )

SangerBox使用配置详注

非常好用的sangerbox终于上线了，集成几十款小工具，让你轻松做科研

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调研图
发布于 2018-06-12 18:10
阅读 ( 49690 )

简易TCGA下载工具是一个可以下载TCGA数据的小软件，它能够在线搜索可用资源并批量下载。除下载之外，还提供临床数据的简单处理，将xml格式的单个临床信息文件转换成矩阵格式数据；另外，对于RNA-seq，methyarray，miRNA数据还提供将单个文件合并成矩阵格式数据的功能模块，并可以将RNA-Seq中ENSG_ID转换为geneSymbol 。在此提供此软件的使用教程，希望可以帮助大家快速，批量下载TCGA数据。

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Fei
发布于 2017-03-28 20:11
阅读 ( 45765 )

NCBI SRA数据库使用详解

做为一个合格的生物信息菜鸟，没钱测序咋整，免不了到处求数据呀找数据.....练好基本功必须先从找数据开始！今天小编就来介绍一下一个存储大量高通量数据的的数据库-SRA。 1、简介 SRA（Seque...

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SXR
发布于 2017-03-30 21:40
阅读 ( 43601 )

UCSCXenaTools包用法介绍——搜索与下载TCGA、GDC、ICGC等公开数据库数据集

下载UCSC Xena公开数据集

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王诗翔
发布于 2018-08-07 15:36
阅读 ( 41256 )

TCGA RNAseq数据中FPKM与TPM转换介绍

在新版数据中TCGA的RNAseq数据主要提供了三种数据下载，FPKM，FPKM-UQ,Counts，如果要用edgR等筛选差异的话会下载使用Counts数据，但是笔者在过去的数据分析中发现TCGA数据使用edgR等软件筛选差...

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祝让飞
发布于 2017-08-24 10:41
阅读 ( 38913 )

一步一步教你做热图，从简单到复杂

热图（heatmap）是分子生物学文章里（尤其是microarray, RNA-seq相关论文）经常出现的图片，热图可以： 1）直观呈现多样本多个基因的全局表达量变化； 2）呈现多样本或多基因表达量的聚类关系...

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admin
发布于 2021-10-12 16:04
阅读 ( 37627 )

R语言基础绘图——折线图

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爽儿
发布于 2017-07-22 15:22
阅读 ( 35526 )

在R中求一致性指数( Harrell'concordance index:C-index)案例

C-index，英文名全称concordance index，中文里有人翻译成一致性指数，最早是由范德堡大学（Vanderbilt University）生物统计教教授Frank E Harrell Jr 1996年提出，主要用于计算生存分析中的COX模型预测值与真实之间的区分度（discrimination），和大家熟悉的AUC其实是差不多的

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祝让飞
发布于 2017-06-26 15:32
阅读 ( 35092 )

就拿TCGA的乳腺癌RNA-seq数据来做个WGCNA示例吧

WGCNA（Weighted Correlation Network analysis）是一个基于基因表达数据，构建基因共表达网络的方法。WGCNA和差异基因分析（DEG）的差异在于DEG主要分析样本和样本之间的差异，而WGCNA主要分析的是基因和基因之间的关系。WGCNA通过分析基因之间的关联关系，将基因区分为多个模块。而最后通过这些模块和样本表型之间的关联性分析，寻找特定表型的分子特征。