SangerBox 永久下载地址(原生信人工具盒)

SangerBox 新一代数据分析盒子,集成常见的傻瓜式数据分析软件,让你轻松做分析。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-11-09 16:15
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简易TCGA下载工具使用教程

简易TCGA下载工具是一个可以下载TCGA数据的小软件,它能够在线搜索可用资源并批量下载。除下载之外,还提供临床数据的简单处理,将xml格式的单个临床信息文件转换成矩阵格式数据;另外,对于RNA-seq,methyarray,miRNA数据还提供将单个文件合并成矩阵格式数据的功能模块,并可以将RNA-Seq中ENSG_ID转换为geneSymbol 。在此提供此软件的使用教程,希望可以帮助大家快速,批量下载TCGA数据。

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  • Fei
  • 发布于 2017-03-28 20:11
  • 阅读 ( 18524 )

这应该是史上最简单好用的GSEA富集分析工具了

GSEA是什么,这个请自行百度,在使用之前要知道GSEA是啥 然后上工具截图: 一般情况下咱们要做GSEA需要准备三个文件 1、gct格式的表达谱 2、分组文件 3、富集的背景文件,也就是gmt格式的...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-09-19 10:12
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NCBI SRA数据库使用详解

做为一个合格的生物信息菜鸟,没钱测序咋整,免不了到处求数据呀找数据.....练好基本功必须先从找数据开始!今天小编就来介绍一下一个存储大量高通量数据的的数据库-SRA。 1、简介 SRA(Seque...

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-30 21:40
  • 阅读 ( 12643 )

GEO芯片数据转换器使用案例

以GEO芯片数据GSE14520为例: 首先从GEO下载GSE14520数据: 从图中可以看出共有488个样本,我们选择MINiML格式的数据(软件只支持该格式),下载完: 然后我们将该文件导入到软件中: 从图...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-08-10 10:57
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就拿TCGA的乳腺癌RNA-seq数据来做个WGCNA示例吧

WGCNA(Weighted Correlation Network analysis)是一个基于基因表达数据,构建基因共表达网络的方法。WGCNA和差异基因分析(DEG)的差异在于DEG主要分析样本和样本之间的差异,而WGCNA主要分析的是基因和基因之间的关系。WGCNA通过分析基因之间的关联关系,将基因区分为多个模块。而最后通过这些模块和样本表型之间的关联性分析,寻找特定表型的分子特征。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-04 10:53
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简易TCGA下载工具V8版升级简要说明

简易TCGA不知不觉已经更新到了第八个版本,之所以更新无非是有很多同志们遇到了各种各样的需求

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-10 19:03
  • 阅读 ( 11767 )

你从没见过的的TCGA下载工具

TCGA新版数据下载之前有很多教程,但是都不是特别方便,这里属性就给大家写一个很方便的下载工具,总共7M,下载即用免安装,还支持断点续传。

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  • 生信人
  • 发布于 2017-03-31 14:01
  • 阅读 ( 11398 )

那些年画过的热图之pheatmap美化过程

在基因的表达模式分析中,我们往往需要对多个基因表达数据进行可视化处理,使得我们所关注的基因在不同样本中表达情况一目了然。在日常研究中,我们往往习惯于选择热图实现这一基因表达模式可视化的需求,进而直观的表述我们的基因表达模式的分析结果。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-26 20:57
  • 阅读 ( 10522 )

TCGA数据发表5分文章

5分TCGA文章的解读

拿TCGA肝癌的RNA-Seq数据来做差异分析例子

刚写了一篇如何用GEO数据来做差异的例子如:https://www.shengxin.ren/article/207 这次来用TCGA的肝癌的数据来演示以下,我们选择大家比较喜欢的RNA-Seq Counts数据 使用TCGA简易下载工具选...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-10-26 20:27
  • 阅读 ( 10367 )

如何极其简单的使用GEO数据来做差异分析

无论你是要看某个基因是否差异表达或者筛选某个GEO数据集的差异基因,这个方法绝对能够帮助你事半功倍 首先假设你已经找到了一套数据GSE32323 这套数据共包含44个样本,其中有17个配对的癌与...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-09-28 10:48
  • 阅读 ( 10328 )

拿一套GEO数据集用DECenter来花式做差异详解

之前很多人使用DECenter出现各种奇奇怪怪的错误,然后程序猿一直希望将学习成本降到最低,经过多次努力,已更新到了第四版本 这次就用V4来做一下一套GEO芯片数据的差异分析 这套芯片数据为:G...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-10-26 15:20
  • 阅读 ( 9006 )

拿一套TCGA胃癌的数据来批量做生存分析示例

数据准备 1、下载TCGA RNA-Seq数据,我们使用TCGA简易下载工具进行下载,因为我们是做预后所以就没有显著正常样本,如图共有407个样本(这是包含所有可下载的样本,要全部下载就将右上角的复选...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-10-28 16:24
  • 阅读 ( 9005 )

TCGA下载工具V12用教程

由于TCGA下载工具之前的版本中用户无法连接TCGA时无法下载,也无法支持GEO数据下载,本次升级将对上述的两个问题进行解决

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-11-09 16:05
  • 阅读 ( 8705 )

TCGA和ICGC规定的44种癌症的简称和全称

不知道大家是不是需要中文译名。 lamlAcute Myeloid LeukemiaaccAdrenocortical carcinomablcaBladder Urothelial CarcinomabocaBone CancerlggBrain Lower Grade GliomabrcaBreast invasive c...

记录clusterProfiler GO分析的一些疑问

闲暇时突然想写一个GO富集分析的小工具,说到富集分析的话不得不提Y叔的clusterProfiler了,简单的使用clusterProfiler提供的GO富集分析的例子: ## Not run:     data(geneList)de <- name...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-12-08 14:32
  • 阅读 ( 7912 )

Cytoscape——实例

Cytoscape实例绘制网络图

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-09-07 12:46
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TCGA RNAseq数据中FPKM与TPM转换介绍

在新版数据中TCGA的RNAseq数据主要提供了三种数据下载,FPKM,FPKM-UQ,Counts,如果要用edgR等筛选差异的话会下载使用Counts数据,但是笔者在过去的数据分析中发现TCGA数据使用edgR等软件筛选差...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-08-24 10:41
  • 阅读 ( 6549 )

TCGA套路文章大全

TCGA数据库的肿瘤相关测序数据非常丰富,各种玩法都可以发文章,基本上都是有人带头其余模仿即可