文章 - 第12页 - 生信人

这篇五分多的signature建模文章有点机智啊

最近偶然看到一篇生信建模的文章，思路清奇，让人茅塞顿开。从标题上来看是一篇分析胰腺癌甲基化异常的基因的预后signature，这个题材的文章看个标题就差不多能猜出来干了什么事，但好奇...

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祝让飞
发布于 2019-03-11 14:34
阅读 ( 8844 )

这样的三分文章在现在这种时候已经很难得了

今天介绍一篇三分多的文章，这篇文章简单到你难以想象，总结内容涉及到的技能主要在以下六个方面： 1、公共数据集，样本量25个 2、在线工具GEO2R进行差异分析 3、使用DAVID进行差异基因的GO...

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祝让飞
发布于 2019-03-07 15:07
阅读 ( 3416 )

当在文献中看到一个GEO数据集却在GEO中没有权限下载的时候，应该想到ArrayExpress

今日看文献，发现了一套关于疼痛的数据集GSE69901，诚然在GEO中检索时是长这样的：实在是对该数据集有点兴趣，所以在pubmed上搜索了一下这个数据集：从文献上来看并不是同一个作者的，那么...

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祝让飞
发布于 2019-03-07 13:59
阅读 ( 3971 )

顶级院校生物/生物组学项目课题 2019实验室助理招募

II. [DL] 深度学习：新方法与新应用关键词: 深度学习, 机器学习, CNN, GAN 学生群体: 有较好的编程能力和对深度学习有一定理解的同学。最好是接触过 TensorFlow 或者 PyTorch 的同学. 这...

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马九九
发布于 2019-03-07 12:19
阅读 ( 1933 )

使用sigclust来评估你的聚类是否显著

看到文献中(doi:10.1080/2162402X.2017.1392427)有人使用sigclust来评估聚类是否合理，于是乎研究了这个包。 sigclust主要针对生物信息学数据(高维低样本)产生的聚类结果进行评估，一个基本假...

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祝让飞
发布于 2019-02-23 14:36
阅读 ( 4944 )

如果导师丢给你一个基因让你去研究，不妨试一下这两个五分的套路

很多研究都是集中在大样本的基因集中去筛选目标基因，这也是常规做数据挖掘的思路，但是做基础实验的常常关注某个基因，那么一个基因怎么做公共数据挖掘？这里有两个秘籍分享给大家 1、横向...

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祝让飞
发布于 2019-02-22 12:10
阅读 ( 20774 )

解析一篇三分多的甲基化文章：全基因组甲基化分析鉴定结肠腺癌中的新型预后甲基化标志物

该文发表与2018年9月，二区，3.4分 DNA甲基化是一种主要的表观遗传机制，是基因表达的重要调节因子，可以抑制转录因子的结合或抑制蛋白的募集。以前的研究表明，表观遗传基因调控中的DNA 甲基...

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祝让飞
发布于 2019-02-18 13:27
阅读 ( 8111 )

分享一个绘制带置信区间的ROC曲线的代码模板

效果图如： library(timeROC)library(survival)ROC.DSST=timeROC(T=time, delta=status ,marker=test.score, cause=1,weighting="marginal", times=c(12,12*3,1...

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祝让飞
发布于 2019-02-18 10:38
阅读 ( 8374 )

基于源代码的RRA算法原理解析

使用RRA算法做基因表达meta分析的文章很多，基于某个好友博士答辩中涉及到此方法，需要对该算法深入解析，顺道抽空研究了一下（主要是实在看不下去文章直译牛头不对马嘴。。。。。他翻译如下）...

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祝让飞
发布于 2019-02-15 21:36
阅读 ( 8241 )

mongodb内存占用过高可行的限制办法

最近服务器卡的要死，后来发现是用来MongoDB在后台建索引，占了一半的内存，MongoDB本身是一个极耗内存的数据库，你有多少内存他都能吃进去，谷歌之后寻到解决办法如下：服务器系统是CentOS7...

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祝让飞
发布于 2018-12-27 08:40
阅读 ( 6099 )

胶质瘤免疫治疗高分文章赏析

首先祝大家圣诞节快乐！今天不废话直接看文章。一篇来自发表于神经医学一线期刊《 Neurology》（IF=7.609）的文章。（在本公众号输入 30171077 可下载该文章全文预览) 胶质瘤

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生信分析流
发布于 2018-12-26 14:13
阅读 ( 4816 )

博士博后：这是我见过“最掏心窝子”的人才招聘了

招聘广告大家见的多了，无非是以下这样格式化的要求：然而，近日一则招聘广告却让人 “耳目一新” ，这是来自于电子科技大学（成都）邹权老师的博士后招聘，大家感受下：欢迎您

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调研图
发布于 2018-12-20 12:40
阅读 ( 9187 )

TCGA简易下载工具V16版升级详细教程

主要优化了三个方面：一、miRNA数据合并时同时合并出两个矩阵，一个是counts的，一个是FPKM的二、支持拷贝数变异的数据合并，可以用来直接跑GISTIC 三、优化了临床随访信息中疾病进展状态...

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祝让飞
发布于 2018-12-11 14:01
阅读 ( 11470 )

零代码系列之三教你如何进行功能富集

上一节课讲解如果使用工具盒中一键式WGCNA软件并且找到共表达模块，那么接下来我们看下如何获取目标模块基因集，已经目标模块的具体有哪些功能。1、功能模块基因获取；2、在线富集分析操作步骤；3、富集结果两种可视化方法。

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调研图
发布于 2018-12-10 16:14
阅读 ( 4586 )

零代码系列之三教你如何看懂WGCNA分析结果

上一节课已经成体系的讲解数据下载到处理完成完整过程，本节可开始讲解如何一键式WGCNA工具使用。1、WGCNA方法总结；2、一键式WGCNA操作说明；3、结果的解读以及参数的调试；4、目标模块分析。

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调研图
发布于 2018-12-10 15:54
阅读 ( 17244 )

零代码系列之三教你如何做WGCNA数据准备

上一节课我们已经通篇解析待复现文章的整体思路，那么接下来开始我们正题数据预处理，1、GEO数据下载；2、数据选择已经多种标准化处理方法；3、缺失值补全；4、箱线图绘制；5、临床特征样本信息准备。那么下一节就是我们的重头戏，怎么使用一键式WGCNA已经模块筛选。

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调研图
发布于 2018-12-10 15:24
阅读 ( 11833 )

最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程，检索素材时发现了一篇文章，哦不，是两篇，他们长的几乎一样但是分数却相差近三倍，我们的目的就是零代码完美复现1、数据采用GEO公开数据集；2、老思路，通过sangerbox中的DEcenter来实现差异基因筛选，想必大家已经并不陌生；3、重头戏，sangerbox中的一键式WGCNA分析使用以及讲解老师的个人经验分享；4、结合临床信息筛选关键模块，通过万能的excel实现；5、hub基因筛选，以及预后相关性，在线网站统统搞定；6、最后就是外部数据验证。