如何利用自己已发表的数据来再发一篇SCI
话不多说，今天来安利一篇老少皆宜的数据挖掘的非编码RNA的“五分以上”文章，标题：Identification of a RNA-Seq based prognostic signature with five lncRNAs for lung squamous cell carcinoma，本文思路清晰，实现简单。
- 25
- 13
- 祝让飞
- 发布于 2017-07-01 17:09
- 阅读 ( 10615 )
祝让飞
那些年画过的热图之pheatmap美化过程
在基因的表达模式分析中，我们往往需要对多个基因表达数据进行可视化处理，使得我们所关注的基因在不同样本中表达情况一目了然。在日常研究中，我们往往习惯于选择热图实现这一基因表达模式可视化的需求，进而直观的表述我们的基因表达模式的分析结果。
- 12
- 23
- 祝让飞
- 发布于 2017-06-26 20:57
- 阅读 ( 55413 )
用公共数据库数据不做实验也能发五分以上文章套路
事实上很多院校对SR、OT都嗤之以鼻，但是今年oncotarget竟然逆势上涨，小编又不小心关注了一下，刚好看到一篇比较简单适合新手入手的文章，今天就来聊一聊这篇不做实验依然发五分以上文章的套路。 这篇文章是去年十月份发表在oncotarget上的题目是：A seven-gene signature predicts overall survival of patients with colorectal cancer
- 32
- 38
- 祝让飞
- 发布于 2017-06-26 16:35
- 阅读 ( 13436 )
MECAT：PC组装人的基因组
今天给大家推荐一款牛叉的三代组装软件，号称资源浪费少，绿色又环保，而且在个人笔记本上毫无压力的软件——MECAT。
- 2
- 6
- 张海伦
- 发布于 2017-06-26 16:31
- 阅读 ( 8794 )
张海伦
在R中求一致性指数( Harrell'concordance index:C-index)案例
C-index，英文名全称concordance index，中文里有人翻译成一致性指数，最早是由范德堡大学（Vanderbilt University）生物统计教教授Frank E Harrell Jr 1996年提出，主要用于计算生存分析中的COX模型预测值与真实之间的区分度（discrimination），和大家熟悉的AUC其实是差不多的
- 5
- 16
- 祝让飞
- 发布于 2017-06-26 15:32
- 阅读 ( 34897 )
Python - 我写代码时如果有一行过长该怎么处理？
Python的编码规范要求每行的长度不超过80，那就就有一个问题，如果我真的需要在一行写80个字符以上的代码怎么办？
- 1
- 2
- deepxin
- 发布于 2017-06-23 11:31
- 阅读 ( 3363 )
deepxin
重磅|十年SCI影响因子统计表格
总共统计了生物医药行业近十年的3078个期刊的影响因子，并且注明该期刊大的分类（Category）及小的分类（Subcategory），该期刊未来的走势（上升,下降），供大家投稿作为参考．
- 1
- 5
- 张海伦
- 发布于 2017-06-22 20:32
- 阅读 ( 2830 )
TCGA CNV全攻略
TCGA里面主要是通过Affymetrix SNP6.0 array这款芯片来测拷贝数变异！
- 9
- 14
- 生信菜鸟团
- 发布于 2017-06-16 17:28
- 阅读 ( 17144 )
生信菜鸟团
关于Gene ID的转换问题简述
事实上很多时候都需要做基因ID的转换，与其依托于别人的工具不如自己动手，由于研究发表的滞后性，往往很多工具提供的转换并不是最新的，理解转换原理才能让你来去自如
- 10
- 9
- 祝让飞
- 发布于 2017-06-14 19:48
- 阅读 ( 14090 )
TCGA临床病理随访资料解读
很多人问怎么计算病人的生存时间，怎么获取病人的治疗方案，怎么知道病人肿瘤转移位置等等，每个人研究关注点不同，但是TCGA提供了非常详细的病理资料以供不同的研究人员研究，今天就用胃癌作为例子简单讲解一下。
- 21
- 13
- 祝让飞
- 发布于 2017-06-12 14:26
- 阅读 ( 25646 )
简易TCGA下载工具V8版升级简要说明
简易TCGA不知不觉已经更新到了第八个版本,之所以更新无非是有很多同志们遇到了各种各样的需求
- 14
- 19
- 祝让飞
- 发布于 2017-06-10 19:03
- 阅读 ( 23994 )
介绍几个DNA甲基化差异筛选的软件
DNA甲基化是最早发现的修饰途径之一，可能存在于所有高等生物中。DNA甲基化 导致某些区域DNA构象变化，从而影响了蛋白质与DNA的相互作用，抑制了转录因子与启动区DNA的结合效率，能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。DNA甲基化的主要形式为5-甲基胞嘧啶，N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鸟嘌呤。在真核生物中，5-甲基胞嘧啶主要出现在CpG和CpXpG中，原核生物中CCA/TGG和GATC也常被甲基化
- 7
- 1
- 祝让飞
- 发布于 2017-06-10 17:21
- 阅读 ( 12760 )
wwwblast的优秀替代品ViroBLAST使用指南
wwwblast已经不再更新啦，有没有比较好用的替代品呢？ViroBLAST帮你解决问题
- 0
- 2
- deepxin
- 发布于 2017-06-09 16:45
- 阅读 ( 4364 )
MongoDB GridFS初探
本文以简单明了的方式说明了MongoDB GridFS的使用，看完本文章你将能够使用PyMongo来存取GridFS
- 0
- 4
- deepxin
- 发布于 2017-06-09 15:12
- 阅读 ( 3110 )
karyoploteR：基因组可视化定制版
简介 karyoploteR是Bioconductor的一个包。这个包主要功能是可以用它来肆意的绘制基因组相关的可视化，文章说了任何数据都可以。这个软件的特点就是自由，半自动话，他只是提供一些组件和工...
- 1
- 1
- 张海伦
- 发布于 2017-06-08 15:07
- 阅读 ( 7367 )
MongoDB开启权限认证
本文主要讲解MongoDB开启认证过程中需要完成的事项，包括建立超级用户、如何管理用户、什么是角色、如何赋予角色等等。
- 0
- 1
- deepxin
- 发布于 2017-06-08 14:37
- 阅读 ( 3406 )
就拿TCGA的乳腺癌RNA-seq数据来做个WGCNA示例吧
WGCNA（Weighted Correlation Network analysis）是一个基于基因表达数据，构建基因共表达网络的方法。WGCNA和差异基因分析（DEG）的差异在于DEG主要分析样本和样本之间的差异，而WGCNA主要分析的是基因和基因之间的关系。WGCNA通过分析基因之间的关联关系，将基因区分为多个模块。而最后通过这些模块和样本表型之间的关联性分析，寻找特定表型的分子特征。
- 51
- 61
- 祝让飞
- 发布于 2017-06-04 10:53
- 阅读 ( 33727 )
